موضوع مهمی که ذهن سیاستگزاران سلامت کشور را در طول دو  دهه گذشته به خود مشغول داشته است این است که علیرغم گسترش خدمات متنوع سلامت در جامعه، نابرابری های سلامت در بین گروههای اجتماعی مختلف مشاهده می شود و  هنوز هم میزان های ابتلا، ناتوانی و مرگ و میر در گروههای فقیر و غنی با یکدیگر تفاوت فاحش دارند.  در سال 1390 وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی پیشنهاد استقرار نظام پایش عدالت در سلامت را در کشور مطرح و فرآیندهای اجرایی آن را  به دانشگاهها ابلاغ نمود. در ادامه نیز شورای سیاستگزاری وزارت متبوع 52 شاخص عدالت در سلامت را به منظور این پایش اساسی و مهم تدوین نمود و وظیفه احصاء آنها به عهده دانشگاههای علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی کشور نهاده شد.
در این راستا و به منظور احصاء شاخصهای 52 گانه سلامت و انجام دیگر مطالعات مرتبط با نظام سلامت، وزارت متبوع طی نامه های شماره 292/100 مورخه 1390/3/2 و 1000/100 مورخه 1390/7/9 دستورات لازم مبنی بر لزوم تاسیس مراکز تحقیقات عوامل اجتماعی موثر بر سلامت در دانشگاهها را ابلاغ نمود. با توجه به همسویی نگرش وزارت متبوع و دانشگاه، اقدامات لازم جهت دریافت مجوز مرکز تحقیقات عوامل اجتماعی موثر بر سلامت دانشگاه  به عمل آمد و بر اساس رای صادره در دویست و بیستمین جلسه شورای گسترش دانشگاههای علوم پزشکی مورخ 91/8/11 با تاسیس مرکز تحقیقات عوامل اجتماعی موثر بر سلامت دانشگاه علوم پزشکی گناباد موافقت اصولی به عمل آمد ولی با توجه به مشکلات و محدودیت های دانشگاه در آن بازه زمانی از جمله تامین فضای فیزیکی مناسب و تجهیزات مورد نیاز و تامین نیروی انسانی لازم، فعالیت رسمی مرکز  در تاریخ 93/3/30 شروع شد و در تاریخ 1394/1/28 اولین طرح پژوهشی مرکز تصویب شد.